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Il budget tocca 78,6 miliardi di euro a prezzi correnti. La quota maggiore – 29,7 miliardi – è destinata all'asse "Social challenges", a sua volta diviso in sette aree tematiche tra cui salute e cambiamento demografico, sicurezza alimentare e agricoltura sostenibile, energia pulita, trasporti verdi. Una quota di 24,4 miliardi è invece appannaggio di "Excellent science", che racchiude finanziamenti per ricercatori individuali nell'ambito dell'attività del Consiglio Europeo della Ricerca e delle azioni Marie Skłodowska-Curie. Quest'ultime dovrebbero finanziare circa 65000 ricercatori, di cui quasi il 40% composto da dottorandi. Diciassette miliardi vanno all'asse "Industrial leadership", rivolto principalmente alle piccole e medie imprese e ai prestiti tramite intervento della BEI. Quote minori vanno all'Istituto europeo di innovazione e tecnologia (2,7 miliardi) e all'Euratom per la ricerca in campo nucleare (1,6 miliardi).

Nell'ambito di Horizon 2020, non ci sono preallocazioni di fondi per paese. Saranno i singoli progetti a contendersi le risorse, indipendentemente dalla nazionalità, sulla base di un ranking che sarà predisposto da valutatori indipendenti. Ogni singolo bando avrà un termine di scadenza per la presentazione delle domande, che potranno essere formalizzate attraverso un .

Rimborso dei costi

I progetti prevedono un cofinanziamento della Ue e dei partecipanti, senza differenze tra i beneficiari. Per la ricerca e sviluppo, la quota di contribuzione di Bruxelles può arrivare fino al 100% dei costi ammissibili. Per l'innovazione, si arriva al 70% (100% solo per i soggetti non profit). In tutti i casi I costi indiretti saranno coperti da un flat rate del 25% dei costi diretti.